Kesan buruk yang paling biasa ialah cirit-birit (5%), loya (3%), sakit perut (3%), dan muntah. Kurang daripada 1% orang berhenti mengambil ubat kerana kesan sampingan. Kegelisahan, tindak balas kulit dan anafilaksis telah dilaporkan.[29] Jangkitan Clostridium difficile telah dilaporkan dengan penggunaan azitromisin.[4] Azitromisin tidak menjejaskan keberkesanan kawalan kelahiran tidak seperti beberapa antibiotik lain seperti rifampin. Kehilangan pendengaran telah dilaporkan.[30]

Kadang-kadang, orang telah mengalami hepatitis kolestatik atau racau. Dos intravena berlebihan tidak disengajakan pada bayi menyebabkan sekatan jantung yang teruk, mengakibatkan ensefalopati sisa.[31][32]

Pada 2013, FDA mengeluarkan amaran bahawa azitromisin "boleh menyebabkan perubahan tidak normal dalam aktiviti elektrik jantung yang boleh membawa kepada irama jantung tidak teratur yang boleh membawa maut." FDA menyatakan dalam amaran kajian 2012 yang mendapati ubat itu boleh meningkatkan risiko kematian, terutamanya pada mereka yang mempunyai masalah jantung berbanding dengan antibiotik lain seperti amoksisilin atau tanpa antibiotik. Amaran menunjukkan orang yang mempunyai keadaan sedia ada mempunyai risiko tertentu, seperti mereka yang mengalami pemanjangan selang QT, paras darah rendah kalium atau magnesium, kadar denyutan jantung yang lebih perlahan daripada biasa, atau mereka yang menggunakan ubat tertentu untuk merawat irama jantung yang tidak normal.[33][34][35]

Telah dilaporkan bahawa azitromisin menyekat autofagi, dan boleh menyebabkan pesakit fibrosis sista terdedah kepada jangkitan mikobakteria.[36]